Maciej Prus urodził się 9 listopada 1937 roku w Samborze. Studiował historię sztuki na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1961 roku ukończył Wydział Aktorski Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Krakowie, a w 1968 roku – Wydział Reżyserii Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Warszawie.

W początkach swojej kariery aktorskiej współpracował z Jerzym Grotowskim. Jako aktor uświetniał także spektakle w krakowskich teatrach: 38, Starym i Rozmaitości oraz w Teatrze Narodowym w Warszawie, gdzie pracował również jako asystent reżysera.

We wczesnych latach siedemdziesiątych Maciej Prus był reżyserem w Teatrze Ateneum w Warszawie i Teatrze im. Wojciecha Bogusławskiego w Kaliszu. Od 1977 roku piastował funkcję kierownika artystycznego i reżysera Teatru Muzycznego w Słupsku, a w latach 1980 – 1982 pracował na tych samych stanowiskach w Teatrze Wybrzeże w Gdańsku. Później został dyrektorem artystycznym Teatru Dramatycznego w Warszawie. Znakomity inscenizator pracował także dla Teatru Telewizji, dla którego wyreżyserował ponad dwadzieścia spektakli.

Świadectwem uznania zasług artysty na rzecz kultury polskiej jest uhonorowanie Nagrodą im. Konrada Swinarskiego, przyznawaną przez miesięcznik „Teatr”, a także odznaczenie Srebrnym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”.